В соответствии с распоряжением Правительства РФ от 10 ноября 2018 г. №2437-р Полномочным представителем Правительства России в Комитете полномочных представителей правительств государств-членов Объединенного института ядерных исследований стал глава Министерства науки и высшего образования (Минобрнауки) Михаил Михайлович Котюков.

Ранее эти обязанности исполнял первый заместитель главы Минобрнауки РФ академик Григорий Владимирович Трубников.

Главные решения по деятельности Объединенного института ядерных исследований принимаются высшим органом управления ОИЯИ — Комитетом полномочных представителей правительств государств-членов ОИЯИ. Каждое государство-член ОИЯИ имеет одного представителя в этом Комитете. Сессии Комитета проходят каждый год в марте и ноябре.