Научная деятельность ОИЯИ осуществляется на основании ежегодно составляемого документа: «Проблемно-тематический план (ПТП) научно-исследовательских работ и международного сотрудничества». ПТП включает в себя проекты (предложенные в соответствии с действующими в ОИЯИ правилами), отобранные Ученым советом и утвержденные дирекцией Института в виде отдельных тем. В некоторых случаях тема может включать в себя несколько проектов.